Augustus Tolton sinh ngày 01 tháng 4 năm 1854 tại Missouri. Cha ông là Peter Paul Tolton và mẹ là Martha Jane Chisley, họ đều là những người nô lệ da đen. Mẹ ông là một tín hữu Công giáo nên Augustus Tolton được rửa tội tại Brush Creek, Missouri, một cộng đồng cách Hannibal khoảng 12 dặm. Mẹ đỡ đầu cho Augustus Tolton lúc rửa tội là Savilla Elliot, vợ của ông chủ quản lý cha mẹ ông.

Có rất nhiều đề tài tranh luận chưa ngã ngũ về việc "làm thế nào các thành viên trong gia đình của Augustus Tolton lại được tự do thoát khỏi nô lệ". Theo các trao đổi của linh mục Augustus Tolton khi ông nói với bạn bè và giáo dân thì cha ông là người đã trốn thoát đầu tiên, sau đó ông Peter Paul Tolton gia nhập quân đội Liên bang. Mẹ Augustus Tolton sau đó cũng bỏ trốn với các con của mình là Charley, Augustus Tolton và Anne. Với sự hỗ trợ của những người lính Liên minh cảm thông và cảnh sát, bà đã vượt qua sông Mississippi để vào vùng đất tự do tại Illinois.[1] Theo thông tin của những hậu duệ của gia đình Elliott, thì ông Stephen Elliott-ông chủ cũ của cha mẹ Augustus Tolton đã giải phóng tất cả các nô lệ của mình khi cuộc nội chiến Hoa Kỳ xảy ra. Người chủ tốt bụng này đã cho phép họ được di chuyển về miền Bắc. Tuy nhiên, cha của Augustus Tolton đã chết vì bệnh kiết lỵ trước khi chiến tranh kết thúc.